Ribocentre-Aptamer 适配体数据库

专业的RNA适配体数据库和管理系统

🌐 在线访问

• 项目主页: https://aptamer.ribocentre.org/
• GitHub仓库: https://github.com/Ribocentre-aptamer/Ribocentre-aptamer.github.io

📋 项目概述

Ribocentre-Aptamer 是一个综合性的RNA适配体数据库，提供：

• 180个适配体的详细信息（53个有3D结构 + 127个无3D结构）
• 统一的数据管理系统
• 强大的搜索功能
• 可视化展示工具
• 完整的维护工具链

🚀 快速开始

维护人员

# 查看系统状态
python scripts/manage_aptamers.py stats

# 添加新适配体
python scripts/manage_aptamers.py add-3d "适配体名称" "链接" "分类"

# 验证数据
python scripts/manage_aptamers.py validate

开发者

# 安装依赖
bundle install
npm install

# 本地运行
bundle exec jekyll serve

3D 结构导出（带注释 mmCIF）

本项目支持从合并后的数据中，依据 Mol* 染色规则批量生成“带颜色注释”的 mmCIF 文件，并在 Sequences 页面提供下载。

1. 可选：生成颜色配置与索引（便于排查）

python scripts/prepare_colored_structure_configs.py \
  --merged apidata/merged_data_0907.json \
  --output apidata/colored_structures

2. 导出注释 mmCIF（主链路）

python scripts/export_mmcif_with_annotations.py \
  --merged apidata/merged_data_0907.json \
  --output apidata/colored_structures

• 离线模式（仅注释本地已有 cif，不访问网络）

python scripts/export_mmcif_with_annotations.py --offline \
  --merged apidata/merged_data_0907.json \
  --output apidata/colored_structures

• 网络容错（可调超时/重试/回退）

python scripts/export_mmcif_with_annotations.py \
  --merged apidata/merged_data_0907.json \
  --output apidata/colored_structures \
  --net-timeout 120 --net-retries 6 --retry-delay 3

3. 前端下载集成

• 页面：/sequences/ 新增列“3D mmCIF”。
• 有 zip（<slug>.mmcif.zip）则优先展示打包下载；否则展示首个 *.annotated.cif。
• “Export Selected / Export All Results” 导出 CSV 后，会提示并批量下载涉及 aptamer 的 mmCIF（需浏览器允许多个下载）。

注：mmCIF 注释以“矩阵”形式写入文件头部注释，清晰列出链号、残基范围与 RGB 颜色。 详见：doc/20250907rebuttle.md。

📁 项目结构

├── 📄 PROJECT_DOCUMENTATION.md    # 📖 项目完整文档
├── 📁 doc/                        # 📚 技术文档目录
│   ├── 📄 README.md               # 📋 文档导航
│   └── 📄 *.txt                   # 📝 所有技术文档（避免Jekyll渲染）
├── 📁 scripts/                    # 🔧 管理脚本目录
│   ├── 📄 README.md               # 📋 脚本使用指南
│   ├── 🐍 manage_aptamers.py      # 🎯 统一适配体管理
│   └── 🔧 其他工具脚本...         # ⚡ 各种处理工具
├── 📁 apidata/                    # 💾 数据文件
├── 📁 _posts/                     # 📖 适配体详情页面
└── 📁 其他Jekyll文件...           # 🌐 网站结构

📖 文档系统

📚 统一文档入口

• 📄 项目完整文档 - 包含所有重要信息的综合文档

📁 分类文档

• 🔧 技术文档目录 - 所有技术文档和开发指南
• ⚡ 脚本使用指南 - 完整的脚本工具说明

🔍 文档特色

• ✅ 避免Jekyll渲染冲突 - 技术文档使用.txt格式
• ✅ 完整保留内容 - 所有原始信息都已整理保存
• ✅ 便于搜索维护 - 统一的README格式便于查找
• ✅ 分类清晰 - 按功能和用途详细分类

🛠️ 核心功能

🎯 统一数据管理

• 支持有3D和无3D结构两种适配体类型
• 15个分类系统自动管理
• 命令行工具简化操作
• 自动数据验证和备份

🔍 强大搜索系统

• 模块化搜索架构
• 多种搜索方式（基础、高级、主页）
• 实时搜索建议
• 关键词高亮

📊 数据可视化

• 交互式数据表格
• 分子结构3D展示
• 统计图表展示
• 响应式设计

⚡ 性能优化

• 资源压缩和缓存
• 模块化加载
• 移动端优化

📈 系统架构

🏗️ 技术栈

• 前端: Jekyll + SCSS + JavaScript (ES6+)
• 可视化: D3.js + Plotly.js + Molstar
• 数据: JSON + 静态文件
• 部署: GitHub Pages

🔄 数据流程

原始数据 → Python脚本处理 → JSON数据文件 → JavaScript渲染 → 用户界面

🔧 管理工具链

• 数据管理: 统一的Python脚本
• 质量控制: 自动验证和测试
• 性能优化: 资源压缩工具
• 文档系统: 完整的使用指南

📊 数据统计

• 适配体总数: 180个
  • 有3D结构: 53个（8个分类）
  • 无3D结构: 127个（7个分类）
• 技术文档: 30+个专业文档
• 管理脚本: 22个工具脚本
• 代码文件: 1000+个文件

🎯 重构成果

✨ 维护效率提升

• 操作时间: 30分钟 → 30秒
• 出错概率: 高风险 → 几乎为零
• 学习门槛: 需要前端知识 → 零门槛
• 系统统一: 两套独立系统 → 统一架构

🔧 工具现代化

• 手动修改HTML/CSS → 一条命令操作
• 硬编码位置映射 → 自动分类配色
• 无数据验证 → 自动验证脚本
• 分离的维护流程 → 统一的管理工具

🐳 Docker部署

构建镜像

docker build --platform linux/arm64 -t aptamer-jekyll:dev .

本地运行

docker run --rm -it \
  -p 4000:4000 \
  -v "$PWD":/srv/jekyll \
  aptamer-jekyll:dev

or

第一次/依赖变化：构建

docker compose up --build

下次：直接

docker compose up

🤝 贡献指南

维护工作流程

1. 查看 PROJECT_DOCUMENTATION.md 了解系统
2. 使用 scripts/ 目录下的工具进行操作
3. 参考 doc/ 目录下的技术文档
4. 运行验证命令确保数据完整性

开发指南

1. 阅读相关技术文档
2. 遵循现有的代码规范
3. 提交前运行测试和验证
4. 更新相关文档

📞 技术支持

🔍 快速查找

# 搜索维护相关文档
grep -r "管理" doc/

# 查找脚本使用方法
grep -r "使用方法" scripts/

# 搜索特定功能实现
grep -r "搜索功能" doc/